Analysez vos données de cytométrie en flux sous R grâce au package "Bioconductor" (analyse your flow cytometry data using R and the "Bioconductor" package)

samedi 7 novembre 2009
par   G. Grégori

R est un système d’analyses statistiques créé par Ross Ihaka et Robert Gentleman (Ihaka and Gentleman, 1996). Il est distribué librement sous les termes de la GNU (General Public Licence). Le développement et la distribution sont assurés par plusieurs statisticiens réunis au sein du Development Core Team (http://ww.r-project.org).

Bioconductor est un projet pour le développement et la diffusion d’outils d’analyses statistiques et graphiques en langage R (modules ou packages) . Ces outils sont destinés aux données issues d’expériences de Biologie et en particulier aux données générées à haut débit. Comme pour R, les modules du projet Bioconductor sont distribués librement sur le site web du projet (http://ww.bioconductor.org).
Le package Bioconductor renferme des outils pour la gestion et le traitement des données de cytométrie en flux. Ces outils permettent d’exploiter plus intensément les données et donc d’aller « un peu plus loin » que l’analyse classique réalisée à partir de combinaisons de cytogrammes, et de "gating" à la main. Enfin !.

Pour installer R et le package Bioconductor, c’est très simple et voici la procédure à suivre :

- 1) Install R (for PCs : http://cran.cict.fr/bin/windows/base/)

- 2) Start R and type the command :

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite(c("Biobase", "flowCore","flowViz","flowQ","Rgraphviz"))

Voilà, c’est prêt !

Et pour débuter, je vous conseille l’excellent tutorial de N. Le Meur (voir documents ci-joints).


References

- R. Ihaka and R Gentleman. R : a language for data analysis and graphics. Journal of Computational and Graphical
Statistics, 5:299314, 1996.
- D.A. Rizzieri, L.P. Koh, G.D. Long, C. Gasparetto, K.M. Sullivan, M. Horwitz, J. Chute, C. Smith, J.Z. Gong,
A. Lagoo, et al. Partially Matched, Nonmyeloablative Allogeneic Transplantation : Clinical Outcomes and
Immune Reconstitution. Journal of Clinical Oncology, 25(6):690, 2007.
- J. Spidlen, R.C. Gentleman, P.D. Haaland, M. Langille, N. Le Meur N, M.F. Ochs, C. Schmitt, C.A. Smith, A.S.
Treister, and R.R. Brinkman. Data standards for
ow cytometry. OMICS, 10(2):209214, 2006.


Documents joints

flowBasics-fr1
flowBasics-fr1
flowBasics-fr2
flowBasics-fr2
flowBasics-fr3
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